مصباح یزدی در واکنش به رویدادهای پس از انتخابات سال ۱۳۸۸ گفت: «سلسله جنبان این قضایا هر که بود درصدد حذف ولایت فقیه از نظام سیاسی کشور بود.» وی «ولایت فقیه را روح انقلاب و مشخصه این حکومت» دانسته و گفت: «دشمنان می‌خواستند یا این رکن اساسی را حذف یا تضعیف و کمرنگ کنند که در این جریان برخی آگاهانه و برخی فریب خورده اقدام به این امر نمودند.»او همچنین در ۲۱ مرداد ۱۳۸۸ در جمع گروهی از هنرمندان بسیجی در مؤسسه آموزشی امام خمینی در این‌گونه استدلال کرد که وقتی رئیس‌جمهوری از جانب رهبری نصب و تأیید می‌شود به عامل او تبدیل شده و از این پرتو نور بر او نیز تابیده می‌شود و لذا «وقتی ریاست جمهوری حکم ولی فقیه را دریافت کرد اطاعت از او نیز مثل اطاعت از خداست.» وی همچنین از رهبران انقلاب اسلامی است که طی سال‌های اخیر به عنوان یک گروه سیاسی ظهور و بروز کرده‌است. مؤسسه مطالعاتی امریکن اینترپرایز نیز در تحلیلی اظهار داشت که محمد تقی مصباح یزدی و از نزدیکان هستند.
وی روز جمعه ۲۲ شعبان ۱۳۴۵ قمری (۵ اسفند ۱۳۰۵ خورشیدی) در به دنیا آمد. پدرش علی‌محمد و جدش محمدکریم و جد اعلایش محمدباقر و جد بالاتر محمدصادق بوده‌اند.
پدربزرگش محمّدباقر در «سرای نو» شیراز تاجر بود، لباسی شبیه لباس روحانیّت می‌پوشید و پیوسته در مسجد مولای شیراز به جماعت حاضر می‌شد و محترم و معتمد بود. جدّش محمّد کریم فرزند محمّدباقر که او نیز عمّامه‌ای بر سر داشت و در بازار در اثنای کار، کلاه پوستینی بر سر می‌گذاشت، در سرای گمرک شیراز و سپس در بازار وکیل به تجارت مشغول بود و از مرتبطین و نزدیکان محمدجعفر محلاتی؛ پدر و سید محمد جعفر طاهری به حساب می‌آمد. پدر وی، علی محمد، از تجار معروف شیراز بود. مکارم شیرازی در مورد پدرش می‌گوید:
پدرم علاقه زیادی به آیات قرآن داشت در دورانی که در مدارس ابتدایی تحصیل می‌کردم، گاهی شبها مرا به اتاق خودش فرا می‌خواند و به من می‌گفت: ناصر! کتاب آیات منتخبه و ترجمه آن را برای من بخوان (این کتاب مجموعه آیاتی بود که در زمان رضاخان در مدارس به عنوان تعلیمات دینی تدریس می‌شد) من آیات و ترجمه آن را برای او می‌خواندم و او لذّت می‌برد. وی تحصیلات ابتدایی و دبیرستانی خود را در شیراز به پایان رسانید؛ و سپس در سن ۱۴ سالگی مشغول تحصیلات دینی شد.
زندگی علمی
بنده از ادامه حضور در نماز جمعه و اقامه نماز معذورم. ائمه جمعه اگر نتوانند به مسئولیت عمل کند، نزد خداوند مسئول خواهد بود. خداوند فرموده‌است که اگر مردم مشکلی داشتند، به نماز پناه برده و مشکل خود را برطرف کنند. مردم صدها مشکل دارند که باید این را امام جمعه بیان کند و اگر بیان کرد و مشکل مردم رفع شد، نشانه این است که خوب بیان کرده، اما اگر مشکل مردم رفع نشد، امام جمعه نتوانسته‌است مطلب را خوب بیان کند.