مصباح یزدی در واکنش به رویدادهای پس از انتخابات سال ۱۳۸۸ گفت: «سلسله جنبان این قضایا هر که بود درصدد حذف ولایت فقیه از نظام سیاسی کشور بود.» وی «ولایت فقیه را روح انقلاب و مشخصه این حکومت» دانسته و گفت: «دشمنان می‌خواستند یا این رکن اساسی را حذف یا تضعیف و کمرنگ کنند که در این جریان برخی آگاهانه و برخی فریب خورده اقدام به این امر نمودند.»او همچنین در ۲۱ مرداد ۱۳۸۸ در جمع گروهی از هنرمندان بسیجی در مؤسسه آموزشی امام خمینی در این‌گونه استدلال کرد که وقتی رئیس‌جمهوری از جانب رهبری نصب و تأیید می‌شود به عامل او تبدیل شده و از این پرتو نور بر او نیز تابیده می‌شود و لذا «وقتی ریاست جمهوری حکم ولی فقیه را دریافت کرد اطاعت از او نیز مثل اطاعت از خداست.» وی همچنین از رهبران انقلاب اسلامی است که طی سال‌های اخیر به عنوان یک گروه سیاسی ظهور و بروز کرده‌است. مؤسسه مطالعاتی امریکن اینترپرایز نیز در تحلیلی اظهار داشت که محمد تقی مصباح یزدی و از نزدیکان هستند.
