وی روز جمعه ۲۲ شعبان ۱۳۴۵ قمری (۵ اسفند ۱۳۰۵ خورشیدی) در به دنیا آمد. پدرش علی‌محمد و جدش محمدکریم و جد اعلایش محمدباقر و جد بالاتر محمدصادق بوده‌اند.
پدربزرگش محمّدباقر در «سرای نو» شیراز تاجر بود، لباسی شبیه لباس روحانیّت می‌پوشید و پیوسته در مسجد مولای شیراز به جماعت حاضر می‌شد و محترم و معتمد بود. جدّش محمّد کریم فرزند محمّدباقر که او نیز عمّامه‌ای بر سر داشت و در بازار در اثنای کار، کلاه پوستینی بر سر می‌گذاشت، در سرای گمرک شیراز و سپس در بازار وکیل به تجارت مشغول بود و از مرتبطین و نزدیکان محمدجعفر محلاتی؛ پدر و سید محمد جعفر طاهری به حساب می‌آمد. پدر وی، علی محمد، از تجار معروف شیراز بود. مکارم شیرازی در مورد پدرش می‌گوید:
پدرم علاقه زیادی به آیات قرآن داشت در دورانی که در مدارس ابتدایی تحصیل می‌کردم، گاهی شبها مرا به اتاق خودش فرا می‌خواند و به من می‌گفت: ناصر! کتاب آیات منتخبه و ترجمه آن را برای من بخوان (این کتاب مجموعه آیاتی بود که در زمان رضاخان در مدارس به عنوان تعلیمات دینی تدریس می‌شد) من آیات و ترجمه آن را برای او می‌خواندم و او لذّت می‌برد. وی تحصیلات ابتدایی و دبیرستانی خود را در شیراز به پایان رسانید؛ و سپس در سن ۱۴ سالگی مشغول تحصیلات دینی شد.
